В 2012 году по указу Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Кирилла в Южном Бутове было учреждено Патриаршее подворье, положив начало новому духовному центру района. Спустя несколько лет, в 2014 году, был назначен ответственный за строительство храма святой равноапостольной Марии Магдалины — протоиерей Василий Василевский. Уже летом на месте будущего храма установили поклонный крест и совершили первый молебен. С этого времени каждую неделю на пустыре собирались прихожане, вознося молитвы о скором возведении церкви.

Осенью этого же года началась активная подготовка к строительству: был освящён участок, завезён грунт, а затем залит фундамент. К зиме поднялись первые стены, и настоятель совершил чин основания деревянной церкви, благословляя её возведение.

В 2015 году строительство продолжилось: весной завершили возведение стен, летом освятили кресты и купола, а осенью приступили к внутренним работам. К весне следующего года храм обрел свой облик, был полностью отделан изнутри и наполнен всем необходимым для богослужений. В апреле 2016 года его украсили колокола, а в Лазареву субботу состоялось малое освящение храма и первая Божественная литургия. В этот день прихожане получили бесценный дар — икону с частицей мощей святой Марии Магдалины.

К концу 2016 года завершилось строительство колокольни, которую увенчал большой Благовестник весом 250 кг, отлитый на Московском колокольном заводе. Звон этого колокола с того времени разносится над Южным Бутовом, созывая людей на молитву.

В последующие годы храм продолжал украшаться. Весной 2018 года престол и жертвенник обрели резные ризы, придавая алтарю особую торжественность. Осенью 2019 года храм получил в дар частицу мощей святителя Иоанна Шанхайского и Сан-Францисского, переданную из кафедрального собора в Сан-Франциско. К концу этого же года завершилось благоустройство территории.

Начало 2021 года ознаменовалось открытием Воскресной школы, куда пришли первые ученики. С этого времени здесь проходят регулярные занятия, объединяя детей в духовной жизни. Осенью в храме был освящён приставной престол в честь Святых Жен-Мироносиц, что стало ещё одним важным этапом в его истории.

Так, начиная с небольшого молитвенного собрания под открытым небом, храм святой равноапостольной Марии Магдалины за несколько лет стал важным духовным центром Южного Бутова. Под его сводами объединяются сердца верующих, звучат молитвы, возносятся песнопения, а святынями наполняется душа каждого, кто переступает его порог.